1965年6月，创建“保山半农半读卫生学校”，校址在保山城西南郊小梨园现址。

1966年5月，改为“保山专区卫生学校”。

1972年3月，保山滇西干部疗养所撤销，房屋资产及所有人员归并入卫生学校，学校由小梨园迁至该所，地址位于保山城西太保山脚，小梨园原校址留作学校生产基地。同年7月，成立保山地区卫生学校革命委员会。

1978年11月，校名确定为云南省保山卫生学校。

1981年，保山地委决定在卫校校址成立保山地区中医院，卫生学校迁往小梨园原址办学，并重新在小梨园扩建校园。

1981年8月，经中共保山地委决定，保山卫生学校定为县处级单位，仍隶属于保山行署卫生局主管。

2003年9月，学校开始涉外招收留学生班。

2006年2月，国家教育部根据有关法律以及全国高校设置评议委员会的评议结果，同意在保山卫生学校的基础上建立保山中医药高等专科学校。

2012年，大理州中医医院成为学校大理（非直属）附属医院。

2015年3月，学校成为云南省特色骨干高等职业院校建设计划院校。

2015年7月，学校加入“中医药保健服务国家标准研发及专业人才培训基地”联盟。